Peraturan Presiden Nomor 9 Tahun 2013 ini ditetapkan sebagai tindak lanjut pengalihan pelaksanaan tugas, fungsi, dan organisasi Badan Pelaksana kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi, serta untuk mengatur penyelenggaraan pengelolaan kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi sehubungan dengan Putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 36/PUU-X/2012 tanggal 13 November 2012. Penyelenggaraan pengelolaan kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi dilaksanakan oleh satuan kerja khusus pelaksana kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi (SKK Migas). Menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang energi dan sumber daya mineral (Menteri) bertugas membina, mengoordinasikan, dan mengawasi penyelenggaraan pengelolaan kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi. Untuk pengendalian, pengawasan, dan evaluasi terhadap pengelolaan kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi oleh SKK Migas, dibentuk Komisi Pengawas.
Komisi Pengawas, yang beranggotakan Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral sebagai Ketua dan Wakil Menteri Keuangan yang membidangi urusan anggaran negara sebagai Wakil Ketua, serta Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal dan Wakil Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral sebagai Anggota, memiliki tugas antara lain memberikan persetujuan terhadap usulan kebijakan strategis dan rencana kerja SKK Migas, melakukan pengendalian, pengawasan, dan evaluasi kegiatan operasional SKK Migas. Struktur Organisasi SKK Migas terdiri dari Kepala, Wakil Kepala, Sekretaris, Pengawas Internal, dan paling banyak 5 (lima) orang Deputi. Kepala SKK Migas bertanggung jawab langsung kepada Presiden dan diangkat serta diberhentikan oleh Presiden atas usul Menteri, setelah mendapatkan pertimbangan dari Komisi Pengawas. Sementara itu, Wakil Kepala, Sekretaris, Pengawas Internal, dan para Deputi diangkat dan diberhentikan oleh Menteri atas usul Kepala SKK Migas setelah mendapat persetujuan dari Komisi Pengawas.
Biaya operasional dalam rangka pengelolaan kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi berasal dari jumlah tertentu dari bagian negara dari setiap kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi. SKK Migas memanfaatkan aset eks Badan Pelaksana Kegiatan Usaha Hulu Minyak dan Gas Bumi dengan prinsip optimalisasi dan efisiensi. Peraturan Presiden ini mulai berlaku pada tanggal diundangkan (14 Januari 2013), dan memiliki daya laku surut sejak tanggal 13 November 2012, sepanjang berkaitan dengan biaya operasional dalam rangka pengelolaan kegiatan usaha minyak dan gas bumi.